L'histoire de Fire Emblem Engage, voit le Dragon Divin Alear, le principal protagoniste de l'histoire et dont on peut choisir le sexe au début du jeu, se réveiller après un profond sommeil qui a duré mille ans. Malheureusement, les nouvelles ne seront pas toutes heureuses, car son réveil coïncidera avec le retour du méchant dragon Sombron, qui avait été vaincu et banni précisément mille ans plus tôt. Accueilli par des valets qui veillaient depuis des années sur le sommeil du Dragon Divin, Alear est amené devant sa mère, également un Dragon Divin. Sa rencontre avec des monstruosités appelées aberrations va cependant déclencher une série d'événements qui vont l'impliquer personnellement, et Alear n'aura d'autre choix que de se battre. Il faut dire que c'est précisément sur le plan de l'intrigue que Fire Emblem Engage ne donne pas le meilleur de lui-même, faisant quelques pas en arrière par rapport à son prédécesseur direct, Three Houses, ou Awakening sorti sur Nintendo 3DS. L'histoire est très linéaire, et ses différents rebondissements sont presque tous prévisibles. Cependant, elle reste une histoire agréable et légère qui accompagnera le joueur tout au long d'une longue campagne composée de près de 30 chapitres principaux et de plusieurs quêtes annexes.