Une batterie défectueuse, intégrée dans les iPod nano commercialisées entre septembre 2005 et décembre 2006 au Japon, a causé des déformations du baladeur chez des dizaines d'utilisateurs. En cause, un problème de surchauffe survenant lors de la recharge.

Initialement, Apple ne voulait changer que la batterie, mais le ministère japonais de l'Économie, du Commerce et de l'Industrie s'en est mêlé, allant jusqu'à demander une enquête sur cette incident. Apple a depuis déclaré qu'elle remplacerait l'appareil dans son entier.