Dans Onimusha : Way of the Sword, nous incarnons Musashi, un samouraï qui aspire constamment à se perfectionner. Le jeu débute par un duel (faisant office de tutoriel) entre le protagoniste et un samouraï d'une prestigieuse école de Kyoto, duel que nous remportons sans trop de difficultés. Cependant, Musashi est attaqué par toute l'école et, en fuyant, tombe dans une embuscade tendue par un groupe de Genma. Cette situation lui est fatale, car, malgré son talent de samouraï, Musashi est incapable de combattre les démons, ce qui entraîne sa mort inévitable. Bien sûr, notre épéiste ne mourra pas pour toujours, mais il bénéficiera d'une seconde chance grâce à un mystérieux homme vêtu de blanc qui lui confiera un gant capable de le ramener à la vie et de lui conférer le pouvoir des Oni. Bien que Musashi ait toujours cherché à s'améliorer et à devenir toujours plus puissant, le pouvoir du gant lui échappe et il tentera, en vain, de le renvoyer à son expéditeur . Résigné, Musashi se venge et tue Genma, le maître qui l'avait assassiné quelques instants auparavant. C'est à ce moment précis que l'Oni contenu dans le gant l'incite à retrouver Takamura. Peu après, on découvre que ce dernier possède lui aussi un gant et que, 700 ans plus tôt, il avait été chargé de protéger l'entrée des Enfers. C'est ainsi que débute l'histoire d'Onimusha : La Voie de l'Épée, où, accompagnés de Takamura, Oniki et Shizuka, nous affronterons une multitude de boss pour sauver Kyoto et le monde entier.